Gene Ontology based gene analysis in graph database environment

The article presents evaluation of the application of Neo4j graph database to Gene Ontology graph analysis. Graph-based term similarity measures are calculated in order to assess the effectiveness of the system. Two types of common ancestor search are presented and evaluated, and parallel execution of the analysis is also evaluated.

---

Artykuł przedstawia ocenę zastosowania grafowej bazy danych Neo4j do analizy grafu ontologii Gene Ontology. Ocena systemu została przeprowadzona na podstawie obliczenia bazujących na analizie grafu miar podobieństwa terminów ontologii. Przedstawione i ocenione zostały dwa sposoby wyszukiwania rodziców w grafie. Analizie poddano również równoległą realizację badanych algorytmów.