The identification of Enterococcus spp. at the species level using rpoB and tuf genes sequencing

Bakterie z rodzaju Enterococcus to Gram-dodatnie, względnie beztlenowe ziarniaki, należące do prawidłowej mikroflory ludzi i zwierząt, kolonizujące w szczególności jelito grube człowieka. Należą do patogenów oportunistycznych, które w sprzyjających warunkach wywołują zakażenia kliniczne, m.in. układu moczowego, zapalenia wsierdzia, a nawet bakteriemię. Do identyfikacji gatunkowej bakterii z rodzaju Enterococcus wykorzystuje się reakcje PCR określonych fragmentów genomu bakteryjnego, a następnie ich sekwencjonowanie. W niniejszej pracy w celu porównania metod identyfikacji gatunkowej zastosowano sekwencjonowanie genów rpoB oraz tuf, a następnie na ich podstawie określono pokrewieństwo badanych szczepów. Analiza sekwencji genu rpoB pozwoliła na identyfikację 100% badanych szczepów na poziomie gatunku, a genu tuf – 78%. Filogenetyczna analiza pokrewieństwa wskazała na różnice w procesie ewolucji genów rpoB i tuf u poszczególnych gatunków bakterii Enterococcus spp.

The Enterococcus genus consist of Gram-positive and facultative anaerobic cocci, colonizing humans and animals large intestine. Enterococci belong to opportunistic pathogens that in specific conditions cause clinical infections, including urinary tract infections, endocarditis, and bacteraemia. The PCR-based methods combined with sequencing are used for Enterococcus identification at the species level. In this work, in order to compare the methods of species identification, the sequencing of the rpoB and tuf genes was used, and then the relationship between the tested strains was determined. Analysis of the rpoB and tuf genes sequences allowed the identification at the species level of 100% and 78% strains, respectively. The phylogenetic analysis of kinship indicated the differences in the evolution of the rpoB and tuf genes in particular species of Enterococcus spp.