How message passing interface (MPI) accelerates a coalescent-based whole genome simulator

Computer simulations are one of the pillars of contemporary science. In the current paper we present next type of improvements introduced into GENOME: A rapid coalescent-based whole genome simulator. The modifications are based on parallelization of processes with the use of MPI technology. The influence of introduced modification, has been tested on Ziemowit HPC cluster which is installed in Silesian Biofarma. Results point out that process of outcomes generation can be reduced significantly if proposed modifications are applied.

---

Symulacje komputerowe uważane są za jeden z filarów współczesnej nauki. W artykule opisano kolejny rodzaj optymalizacji programu GENOME: A rapid coalescent-based whole genome simulator, mającej na celu skrócenie czasu oczekiwania na wyniki. Modyfikacje bazują na zrównoleglaniu wykonywania procesów z wykorzystaniem technologii MPI oraz klastrów HPC. W celu przetestowania uzyskanego rozwiązania wykorzystano klaster HPC Ziemowit, będący na wyposażeniu Śląskiej Biofarmy. Wyniki wskazują, iż wprowadzone modyfikacje pozwalają na znaczne skrócenie czasu wykonywania aplikacji.