Docker Analyzer: Program for comparison of docking results

Vast amount of docking algorithms and scoring functions available encourage development of methods aimed to adjust functionality of docking tools. A certain level of scoring functions precision is needed to recognize complexes of specific intermolecular interactions. Having this kind of model morę detailed blind prediction of molecular complexes would be possible. To enhance specificity of docking results tools unifying application of many scoring functions should be developed. A program for assessment of molecular docking: Docker Analyzer is presented as preliminary approach. Complex calculation of over ten scoring functions and its simultaneous use (multiple consensus scoring) is possible to improve default selection of best hits after standard molecular docking procedure.

---

Dostępność wielu programów dokujących oraz różnorodność używanych w nich funkcji służących do oceny poprawności kompleksów białko-ligand skłania do ich oceny i porównań. Istotna wydaje się być możliwość dobrania funkcji oceniającej pod kątem specyfiki badanego układu, a więc wybór funkcji, która najpoprawniej w danych przypadku opisywałaby naturę oddziaływań międzycząsteczkowych. Takie podejście powinno pomóc w poprawnym dokowaniu w przypadku kiedy brak jest wstępnej informacji strukturalnej (np. przy nieznanym miejscu wiążącym). Praca ta przedstawia program do oceny efektywności procedur dokowania będący wstępną realizacją takiego podejścia. Program Docker Analyzer umożliwia jednoczesne obliczenie kilkunastu popularnych funkcji oceniających i ich wzajemne porównanie, wyznaczenie na ich podstawie wskaźnika konsensusowego oraz prostą wizualizację kompleksów.