Bioinformatic environment for analyzing large scale genome sequence

Presented application for large scale genome analysis is useful to test whole chromosomes with Genscan program. Implemented solutions manage with following problems: Genscan program, as context dependent gene seeking program, makes impossible simple division of long sequences into subsequences and simple sum of results , optimization of input subsequences to obtain high level of accuracy with Genscan program, calculation of the longest input subsequences which Genscan can analyze (in comply with hardware limitations). The main result of the work is the ability of scanning large scale sequences to find genes without redundancy error or losses, while analyzing result from dividing ranges. This paper focuses on conditions of using Genscan program. Analyzed sequences came from human genome sequences.

---

Niniejsza praca prezentuje rozwiązanie informatyczne umożliwiające analizę dużych sekwencji nukleotydowych na poziomie całych chromosomów z wykorzystaniem programu Genscan. Powstałe rozwiązania dotyczą następujących problemów: zastosowanie kontekstowego algorytmu w programie Genscan uniemożliwiającego prosty podział dużych sekwencji na mniejsze i prostego sumowania wyników skanowania, optymalizacja wejściowych subsekwencji dla uzyskania najlepszych rezultatów analizy sekwencji za pomocą programu Genscan ( high levels of accuracy program , wyznaczenie najdłuższej subsekwencji do bezpośredniej i jednokrotnej analizy programem Genscan, wynikającej z ograniczeń sprzętowych. Uzyskanym efektem pracy jest możliwość skanowania dużych sekwencji z zapewnieniem braku redundancji wyników analizy oraz braku utraty danych w miejscach podział u dużej sekwencji. W pracy zwrócono uwag ę na kryteria i warunki zastosowania programu Genscan. Analizowane dane dotyczyły genomu ludzkiego.