Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Tytuł pozycji:

Implementation of enzyme family classification by using autoencoders in a study case with imbalanced and underrepresented classes

Tytuł:
Implementation of enzyme family classification by using autoencoders in a study case with imbalanced and underrepresented classes
Autorzy:
Fernández Gutiérrez, Darian
Ariadna, Arbolaez Espinosa
Galpert Cañizares, Deborah Raquel
García Lorenzo, María Matilde
Data publikacji:
2025
Słowa kluczowe:
autoencoders
bioinformatics
embeddings
enzyme classification
Język:
angielski
Dostawca treści:
BazTech
Artykuł
  Przejdź do źródła  Link otwiera się w nowym oknie  Pełny tekst  Link otwiera się w nowym oknie
In the field of Bioinformatics, the scientific community is fully aware of the challenges associated with enzyme classification. In this study, a novel strategy is proposed based on the use of Anomalous Autoencoders to characterize chitinases belonging to glycoside hydrolases. Python and TensorFlow programming technologies were employed to conduct this analysis. The designed classifier consists of two levels that determine both the enzymatic nature of an amino acid sequence and its corresponding chitinase enzyme family. These levels considered class imbalance and the underrepresentation of those enzyme families in the CAZy.org database. Furthermore, a comprehensive comparison was made with other available software in the field. To represent the amino acid sequences, embeddings generated from the ProtFlash model were used. The results obtained in this study confirm the effectiveness of the proposed implementation compared to the methods EzyPred, ECPred, and Proteinfer
Opracowanie rekordu ze środków MNiSW, umowa nr POPUL/SP/0154/2024/02 w ramach programu "Społeczna odpowiedzialność nauki II" - moduł: Popularyzacja nauki (2025).

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies