Object oriented representation and processing of genomic data in relational database

The article shows a method of storing genomic data as the object in the relational database server. It presents a method of source data migration which is stored in the weakly determined text files on ftp servers. What is more, it describes the formal structure of the Common Language Runtime (CLR) class used to define user data type. Implementations of compulsory and optional methods are also presented. Furthermore, the paper shows a set of implemented matching algorithms and methods of using them to build adherence matrix. Finally, the paper – presents some efficiency tests which prove the advantages of the proposed algorithms.

---

Artykuł prezentuje sposób zapisu danych opisujących genom w postaci obiektu składowanego w relacyjnym serwerze baz danych. Pokazano metodę migracji danych wejściowych, składowanych w postaci słabo zdeterminowanych plików tekstowych, a dostępnych na serwerach ftp. Opisano formalną konstrukcję obiektu z zastosowaniem CLR oraz implementacje metod obligatoryjnych i fakultatywnych. Przedstawiono oprogramowane algorytmy dopasowania oraz omówiono sposób ich wykorzystania do budowy macierzy przystawania. Artykuł zawiera wyniki kilku testów wydajnościowych potwierdzających zalety proponowanych metod.

---

Opracowanie rekordu w ramach umowy 509/P-DUN/2018 ze środków MNiSW przeznaczonych na działalność upowszechniającą naukę (2018)