Modeling of the informatics process of translation in ribosomes

The paper presents a selected features of formal model of the translation processes performed in a ribosome moving along the mRNA chain in an eukaryote cells. The model construction paradigm for dynamics modeling is discussed in general, and the modeling of the translation process in a atatic sense is presented in details. A model using the concept of process comunicating through messages paradigm is discussed. The computer network structure contains a workstation fulfilling the needs of Graphic User Interface, and a supercomputer working under control of the workstation to fulfill the tasks of time-consuming, interdependent numerical computations performed in the Message-Passing Interface environment on a UNIX platform. The model introductory implementation is illustrated through the examples.

---

W pracy przedstawiono strukturę modelu procesu translacji informacji genetycznej zawartej w mRNA w strukturę białka. W ogólności opisano model translacji realizowanej w rybosomie uwzględniający dynamikę procesów, natomiast szczegółowo przedstawiono tę część modelu, która w hierarchii modelu reprezentuje proces translacji w sensie statycznym. Model procesu translacji implementuje zasadę przesyłu komunikatów. Struktura sieciowa modelu bazuje na stacji roboczej pełniącej funkcje graficznego interfejsu użytkownika i zarządzania oraz superkomputera pracującego pod kontrolą stacji roboczej. Superkomputer realizuje masywne obliczenia numeryczne realizowane przez zrównoleglenie procesów z wykorzystaniem środowiska Message-Passing Interface w systemie UNIX. Przedstawione zostały przykłady ilustrujące wstępną implementację modelu.