A model of genome length estimation based on k-mers detection

The genome length estimation at raw sequencing data level gives a practical knowledge about size of the DNA sequence at early stage of analysis. In our research, we created a model based on random sampling of k-mer (very short DNA fragments), that we used to predict genome size. Furthermore, we made the comparison of model results with empirical whole-genome sequencing data.

---

Oszacowanie rozmiaru genomu na podstawie surowych danych pochodzących z sekwencjonowania dostarcza wiedzy na temat długości DNA na wczesnym etapie analizy. W naszej pracy stworzony został model szacujący długość genomu oparty na losowym doborze krótkich fragmentów DNA zwanych k-mer. Wyniki powstałe przy użyciu modelu zostały odniesione do danych pochodzących z eksperymentów sekwencjonowania całych genomów.