Exons identification and visualization in 2D and 3D protein structures

The thesis presents the description of the way in which exons, DNA encoding fragments, can be visualized in the structure of proteins. The paper supplements the computer application designed to determine exons-proteins relationships, basing on the data taken from the nucleotide sequence database (GenBank) and the protein structure database (PDB). The first part of the thesis describes the biological basics of the topic related issues including the structure and the transmission mechanisms of genetic material, as well as the structure of proteins. The following sections discuss the bioinformatics databases which collect the data necessary for the exons visualization procedure. The next part of the paper presents the application algorithm, technical documentation and documentation dedicated to potential users. The final part of the thesis includes the examples of the use of the application and the results obtained for genes involved in cancer process.

W pracy przedstawiono opis sposobu wizualizacji eksonów – kodujących fragmentów sekwencji DNA – w strukturze białek. Niniejsze opracowanie jest uzupełnieniem aplikacji komputerowej służącej do wyznaczania tych zależności w oparciu o dane z bazy sekwencji nukleotydowych (GenBank) oraz bazy struktur białek (PDB). W pierwszej części pracy zamieszczono opis podstaw biologicznych związanych z opracowywanym zagadnieniem, dotyczącym budowy oraz mechanizmów powielania materiału genetycznego, a także budowy białek. W dalszej części omówiono bazy bioinformatyczne gromadzące dane niezbędne do przeprowadzenia procesu wizualizacji eksonów w białkach. Następnie zamieszczono algorytm działania aplikacji, opis techniczny oraz niezbędną dokumentację dedykowaną potencjalnym użytkownikom. Końcowa część pracy zawiera przykłady wykorzystania programu wraz z wynikami dotyczącymi genów biorących udział w nowotworzeniu.