Tytuł pozycji:
Design and implementation of an algorithm for automatic RNA tertiary structures prediction using homology-based methods
- Tytuł:
-
Design and implementation of an algorithm for automatic RNA tertiary structures prediction using homology-based methods
Projekt i implementacja algorytmu do automatycznego przewidywania struktur trzeciorzędowych RNA przy zastosowaniu metod homologicznych
- Autorzy:
-
Kopciuch, Konrad
- Słowa kluczowe:
-
bioinformatics, RNA, tertiary structure, homology modeling, SVM, SCFG
bioinformatyka, RNA, struktura trzeciorzędowa, modelowanie homologiczne, SVM, SCFG
- Język:
-
polski
- Dostawca treści:
-
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
-
Przejdź do źródła Link otwiera się w nowym oknie
This paper describes the desing and implementation of an algorithm for automatic RNA tertiarty structure prediction. This algorithm has three main parts: template recognition, query sequence to template sequence alignment and building a model using homology-based program. In desing of this algorithm we used SVM machine learning method, and a few similarity measures between template and query sequence. Among other things we used a Needleman-Wunsch algorithm, and stochastic context-free grammar.
W ramach pracy zaprojektowany i zaimplementowany został algorytm do automatycznego przewidywania struktury trzeciorzędowej RNA. Algorytm ten można podzielić na trzy główne części: rozpoznanie szablonu, dopasowanie sekwencji celu do sekwencji szablonu oraz utworzenie modelu za pomocą programu do modelowania homologicznego. Przy projekcie wykorzystana została metoda SVM uczenia maszynowego, a także różne miary podobieństwa pomiędzy szablonem a sekwencją celu. Przy implementacji tych miar wykorzystany został m.in. algorytm Needlemana-Wunscha oraz stochastyczne gramatyki bezkontekstowe.
