High-output manipulation of DNA sequence alignments

Celem pracy było stworzenie programu umożliwiającego przeprowadzanie operacji na plikach z dopasowaniami sekwencji DNA. Program służy do próbkowania wielu plików w formacie FASTA według określonych kryteriów, oczyszczania otrzymanego przyrównania oraz konwersji do innych formatów, jak NEXUS, PHYLIP i TAB. Program składa się z 5 skryptów odpowiadających za realizację poszczególnych etapów: "samplowanie.py", "oczyszczanie.py", "konwertuj_katalog.py", "konwersja.py", skryptu odpowiadającego za aplikację okienkową "app.py" oraz skryptu umożliwiającego wykonywanie określonych opcji z podaniem katalogu wejściowego i wyjściowego "skrypt.py".

The aim of this work was to create a program which allows execution of operations on files containing DNA sequence alignements. The program is used for testing many files in the FASTA format according to specific criteria, clearing outputted alignments as well as converting into other formats such as, NEXUS, PHYLIP and TAB. The program consists of 5 scripts implemented in various stages: "samplowanie.py", "oczyszczanie.py", "konwertuj_katalog.py", "konwersja.py", a script involved in the graphical user interface "app.py", as well as a script used to perform specific options by giving a catalogue input and output "skrypt.py”.