Using the NMR and CD spectroscopy in the inhibitor – PD-L1 interactions studies

W niniejszej pracy przedstawiono sposoby wykorzystania spektroskopii dichroizmu kołowego oraz magnetycznego rezonansu jądrowego do badań oddziaływań inhibitor-białko oraz scharakteryzowano techniki poszczególnych metod. W przypadku spektroskopii CD dokładnie zoptymalizowano i omówiono warunki pomiarowe do badań powinowactwa białko PD-L1-ligand.Z wykorzystaniem spektroskopii CD przetestowano 8 związków z czego związki 1, 15, 29 i STD4 wykazywały aktywność w prezentowanym teście. Za pomocą spektroskopii NMR przetestowano 7 związków przy czym związki 15, 29, STD4 i 11 charakteryzowały się stałą Kd rzędu milimolowego. W badaniach wykorzystano znakowane izotopem 15N białko PD-L1.Ponadto przedstawiono syntezy trzech potencjalnych antagonistów białka PD-L1, zawierających fragment benzotiazyny, które scharakteryzowano w oparciu o widma 2D NMR. Otrzymane związki zbadano także pod kątem aktywności biologicznej z białkiem PD-L1. Na koniec przeprowadzono porównanie i dyskusję zastosowanych metod spektroskopowych w badaniu oddziaływań inhibitor-białko PD-L1, a także przedstawiono propozycje modyfikacji badanych związków.

In this thesis, using circular dichroism and nuclear magnetic resonance spectroscopy to test the inhibitor-protein interactions was described and the techniques of both methods were characterized. In regards to CD spectroscopy, the measurement conditions to the test of affinity of PD-L1-ligand were thoroughly optimized and discussed.By using CD spectroscopy, 8 compounds were tested where 1, 15, 29 and STD4 compounds had activity in the presented test. By using NMR spectroscopy, 7 compounds were tested wherein 15, 29, STD4 and 11 were characterized at the milimolar Kd. In the studies 15N isotopically labeled PD-L1 protein was used.Furthermore, the synthesis of 3 potential PD-L1 antagonists was described which contained benzothiazine fragment and which based on the 2D NMR were characterized. Synthesised compounds for PD-L1 activity were tested as well. Finally, the comparison and the discussion of the use of spectroscopy methods in the testing of the PD-L1-inhibitor interaction were conducted and proposed modifications of the tested compounds were presented.