Comparative analysis of expression of ephrins and ephrin receptors in mouse model and clinical samples in melanoma based on Gene Expression Omnibus data

Despite developing immuno- and targeted therapies metastatic melanoma remains incurable, which is why there is still need of research in this field . One of the way do to that is use of animal models and bioinformatic analysis of data gained from microarrays research.Ephrins and ephrin receptors are relatively not well known group of proteins when it comes to their role in melanoma growth. Their construction and location as well as ability of bidirectional signalling make them interesting object of melanoma research.The aim of this paper was the comparative analysis of expression of ephrins and ephrin receptors in mouse model and clinical samples in melanoma based on Gene Expression Omnibus data for mouse model in tumors cultured from poorly metastatic parental line A375P and tumors cultured from cells isolated from parental line’s metastases and injected in mouse again (GDS3964) – called xenografts – and in clinical samples collected from patients suffering from primary and metastatic melanoma (GDS3966). The results of analysis confirmed that there is significant disparity between expression levels for some ephrins and ephrin receptors. Analogical results for mouse model and clinical samples were observed for EFNB2, EPHA2, EPHA7 and EPHB6. For all proteins mentioned expression was lower in metastases. Significant differences were observed for other ephrins and ephrin receptors as well, but those results didn’t match between researched groups (the expression level was higher in one group and lower in other or wasn’t statistically significant at all in one of the groups).

Czerniak przerzutowy mimo rozwijających się immuno- i celowanych terapii nadal pozostaje chorobą nieuleczalną, stąd też wynika potrzeba badań w tym zakresie. Jednym z takich podejść jest wykorzystanie modeli zwierzęcych, jak również analizy bioinformatyczne danych uzyskanych z badań mikromacierzowych.Efryny i receptory efryn są stosunkowo mało poznaną grupą białek w kontekście ich roli w rozwoju czerniaka. Ich budowa i umiejscowienie oraz rola w dwukierunkowym przekazywaniu sygnału czyni je ciekawym obiektem badań w zakresie przerzutowania tego nowotworu.Celem niniejszej pracy była analiza porównawcza względnego poziomu ekspresji efryn i ich receptorów na podstawie danych z bazy GEO Profiles dla modelu mysiego w guzie powstałym z słabo przerzutującej linii rodzicielskiej A375P oraz w guzach powstałych z komórek wyizolowanych z przerzutów linii rodzicielskiej do płuc i wszczepionych ponownie do myszy (GDS3964) – nazywanych dalej ksenograftami - oraz w próbkach klinicznych pobranych od pacjentów chorujących na czerniaka pierwotnego i przerzutowego (GDS3966). Wyniki analizy potwierdziły, że dla części efryn i ich receptorów występują istotne różnice we względnym poziomie ekspresji pomiędzy badanymi grupami. Analogiczne wyniki dla modelu mysiego i próbek klinicznych otrzymano dla EFNB2, EPHA2, EPHA7 i EPHB6. Dla wszystkich wymienionych białek ekspresja była mniejsza w grupie przerzutowej. Istotne różnice otrzymano również dla innych efryn i receptorów, ale zmiany te nie pokrywały się między modelem zwierzęcym i próbkami klinicznymi (poziom ekspresji spadał w jednej grupie, a w drugiej rósł lub w ogóle nie był na istotnym statystycznie poziomie).